La chiesa di San Rufino, dedicata al patrono di Assisi che per primo portò il cristianesimo in città, è stata costruita a partire dal 1134 ad opera di Giovanni da Gubbio sul luogo di due edifici religiosi preesistenti. La facciata, in classico stile romanico umbro, è riccamente scolpita. L‘interno basilicale, a tre navate, nel 1571 subisce un radicale intervento ad opera di Galeazzo Alessi ma le originali volte a botte al di sopra di quelle rinascimentali sono rimaste integre.

Dell'arredo originale è poi rimasto il fonte battesimale, nel quale sono stati battezzati San Francesco, Santa Chiara e Federico II di Svevia. Si racconta che, durante il battesimo di Francesco, mentre il sacerdote sta per compiere il rito, appare un essere misterioso che chiede di prendere in braccio il bambino. Poi, inginocchiatosi, lascia la sua impronta sulla pietra del gradino dell'altare.

Museo capitolare della cattedrale di San Rufino: 075 812712 - http://www.assisimuseodiocesano.com/diocesi_cattedrale.html