Edificata nella prima metà del 1600 nel luogo dove, secondo la tradizione, il lupo di Gubbio è vissuto fino alla sua morte, la chiesa è situata in via Savelli ed è tuttora in custodia all’Università dei Muratori e Scalpellini che si occupò della sua costruzione.

Al suo interno è visibile la pietra, attualmente usata come mensa per l'altare, sopra la quale, secondo la tradizione, Francesco predica al popolo eugubino e stipula il patto tra il popolo stesso e il lupo. Su di essa è scritto: “Havendo San Francesco con la santa croce humiliata fuor di Gubbio quella lupa che homini e bestie divorava con stupor del populo la menò qua et su la presente pietra predicando si fece dare la fede con la zampa con patto di non far più danno alcuno et con patto d’esser dalla città nutrita sì che attutti poi obbediente nella vicina grotta habitava”.

Sempre all’interno sono conservati conservati i Ceri ‘mezzani’ e le statuette di S. Ubaldo, S. Giorgio e S. Antonio collocate in cima ai Ceri nella celebre festa del 15 maggio. Il quadro rappresentante la Madonna con il Bambino e Santi è opera di Giovanni B. Michelini da Foligno.