Con qualche piccola variante rispetto al cammino a piedi, il sentiero di Francesco può essere percorso anche in mountain bike. Per la bici da strada, invece, si consiglia di seguire l’itinerario suggerito per le auto.

La lunga pedalata alla volta di Assisi inizia dal meraviglioso santuario della Verna, immerso nel silenzio e nella pace di un bosco di faggi e abeti. Il percorso è subito in salita fino a raggiungere il punto più alto del cammino, la cima del monte Calvano (1254m), contraddistinta da un immenso prato tra Casentino e Valtiberina. Poi una lunga discesa, a circa un’ ora dalla partenza, porta al paese di Pieve Santo Stefano (432m), situato in una splendida valle circondata da monti. Da qui il percorso alla volta dell’eremo di Cerbaiolo (861m) è molto impegnativo, sono quasi due ore si salita, con un breve tratto in cui si è costretti a scendere dalla sella e accompagnare la bici a mano. Ma ne vale la pena: l'eremo, meno conosciuto di La Verna, è altrettanto suggestivo e il colpo d'occhio sorprende piacevolmente il visitatore.
Arrivati al bivio per il passo di Viamaggio (983m), si consiglia vivamente di non proseguire per il sentiero a piedi ma di percorrere la strada statale 258 che porta, in circa novanta minuti, a Sansepolcro (330m), medievale città che ha dato i natali al celebre artista Piero della Francesca.

Da qui una breve ma dura salita conduce a Citerna (480m), cittadina situata su una collina da cui si gode uno stupendo panorama sulla valle del Tevere. Neanche un'ora di pedalate per scendere fino alla meta successiva: Città di Castello (288m), che conseva ancora tra le mura cinquecentesche preziosi tesori di arte e cultura. 

Il percorso si dirige ora verso Pietralunga, alternando tratti di strada asfaltata e sterrata, e senza particolari difficoltà, in circa tre ore, si arriva a Pietralunga (566m), arroccata in cima a un’altura  e immersa nel verde dei boschi dell'Appennino umbro - marchigiano.
Una nuova salita conduce all’abbazia di San Benedetto Vecchio, da qui il percorso di altre tre ore conduce alla prima meta del cammino: Gubbio (522m), una delle città più care al Santo. Ricca di storia, arte e memorie francescane, la città merita un giorno di sosta per poter visitare i tanti monumenti e le antiche chiese. In questa città Francesco incontrò il Lupo.

Da Gubbio, percorrendo un tratto parallelo alla strada statale 298 in direzione Perugia, si giunge, dopo neanche mezz’ora, all’abitato di Ponte d’Assi (419m). Qui si attraversa il ponte sul torrente Saonda e si prosegue dritti sulla statale per un breve tratto. Superata una fattoria, inizia dalla parte opposta il sentiero asfaltato, in salita, nella frazione di Colonnata. Dopo quasi un’ora, si incontra la strada (637m) che giunge da Vallingegno, sulla destra si può ammirare il castello e più in alto l’abbazia di San  Verecondo di Spissis, dove san Francesco cercò rifugio dopo l'assalto dei briganti. 
La strada che conduce all’abbazia non è percorribile in mountain bike, quindi, se si desidera visitare Vallingegno, l’unica alternativa è prendere al precedente bivio di Mengara la strada statale e, dopo aver visitato l’abbazia, ritornare indietro per riprendere il sentiero.

Dal bivio di Vallingegno si riprende a pedalare per una mezz’ora fino ad arrivare all’eremo di San Pietro in Vigneto (462m). Restaurato e reso funzionale dall'eremita Padre Basilio Martin, è un luogo di profonda spiritualità e pace. In fondo alla discesa dell’eremo, non si gira a destra seguendo l'itinerario dei camminanti ma si va dritti fino alle sponde del Chiascio. Si costeggia la diga del fiume fino a un bivio, al quale si gira a destra, riprendendo così il percorso segnalato. Arrivati dopo circa un’ora, al bivio di Coccorano, si può continuare lungo il sentiero, addentrandosi in difficile tratto nel bosco, oppure si può proseguire, risparmiando tempo, per la strada asfaltata fino alla zona della Barcaccia.
Da qui in venti minuti si scende lungo la valle del fiume e, attraversato il ponte, si sale fino a Valfabbrica (288m). Da piazza Mazzini si prosegue verso la frazione del Pioppo. Subito dopo il Pioppo, si continua a sinistra per il tracciato asfaltato senza seguire le indicazioni del sentiero per i pellegrini a piedi. Dopo circa quaranta minuti sulla sella, si arriva alla chiesa di Pieve San Nicolò (560m), dalla quale cinque minuti di pedalate riportano sulla strada dei camminanti. Il sentiero è ora in discesa, tranne che per un breve tratto nel bosco, e, dopo una mezz’ora, si trova la statua di Padre Pio (280m), dalla quale un ultimo strappo in salita conduce finalmente a porta San Giacomo (396m) sul lato nord-est di Assisi.